Mit der Kernspintomographie lassen sich bös- oder gutartige Neubildungen (Tumore), entzündliche Erkrankungen und Verletzungsfolgen der Bauch- und Beckenorgane ohne Strahlenbelastung zuverlässig darstellen. Spezielle Verfahren wie MRCP zur Beurteilung der Gallengänge oder MR-Sellinkzur Beurteilung des Dünndarmes können zum Teil endoskopische Untersuchungen ersetzen oder zumindest ergänzen. In den meisten Fällen ist eine Gabe von Kontrastmittel in eine Armvene erforderlich.